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使用PCIe交换网结构在多主机系统中优化资源部署

2020-10-26 Microchip Technology Inc.固件工程技术顾问Vincent Haché 阅读:
PCIe交换网结构是一种能够充分利用CPU巨大性能的绝佳方法,但PCIe标准本身存在一些障碍。不过,可以通过使用动态分区和多主机单根I/O虚拟化共享技术来解决这些难题,以便可以将GPU和NVMe资源实时动态分配给多主机系统中的任何主机,从而满足机器学习工作负载不断变化的需求。

越来越多的数据中心和其他高性能计算环境开始使用GPU,因为GPU能够快速处理深度学习和机器学习应用中生成的大量数据。不过,就像许多可提高应用性能的新型数据中心创新一样,这项创新也暴露出新的系统瓶颈。在这些应用中,用于提高系统性能的新兴架构涉及通过一个PCIe®结构在多个主机之间共享系统资源。sgwednc

PCIe标准(特别是其基于树的传统层级)会限制资源共享的实现方式(和实现程度)。不过,可以实现一种低延时的高速结构方法,这种方法允许在多个主机之间共享大量GPU和NVMe SSD,同时仍支持标准系统驱动程序。sgwednc

PCIe结构方法采用动态分区和多主机单根I/O虚拟化(SR-IOV)共享。各PCIe结构之间可直接路由点对点传输。这样便可为点对点传输提供最佳路由,减少根端口拥塞,并且更有效地平衡CPU资源的负载。sgwednc

传统上,GPU传输必须访问CPU的系统存储器,这会导致端点之间发生存储器共享争用。 当GPU使用其共享的存储器映射资源而不是CPU存储器时,它可以在本地提取数据,无需先通过CPU传递数据。这消除了跳线和链路以及由此产生的延时,从而使GPU能够更高效地处理数据。sgwednc

PCIe的固有限制

PCIe主层级是一个树形结构,其中的每个域都有一个根联合体,从该点可扩展到“叶子”,这些“叶子”通过交换网和桥接器到达端点。链路的严格层级和方向性给多主机、多交换网系统带来了成本高昂的设计要求。sgwednc

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图1:多主机拓扑sgwednc

以图1所示的系统为例。要符合PCIe的层级,主机1必须在交换网1中有一个专用的下行端口,该端口连接到交换网2中的专用上行端口。它还需要在交换网2中有一个专用的下行端口,该端口连接到交换网3中的专用上行端口,依此类推。主机2和主机3也有类似的要求,如图2所示。sgwednc

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图2:每个主机的层级要求sgwednc

即使是基于PCIe树形结构的最基本系统,也需要各交换网之间有三个链路专用于每个主机的PCIe拓扑。而且,由于主机之间无法共享这些链路,因此系统会很快变得极为低效。sgwednc

此外,符合PCIe的典型层级只有一个根端口,而且尽管“多根I/O虚拟化和共享”规范中支持多个根,但它会使设计更复杂,并且当前不受主流CPU支持。结果会造成未使用的PCIe设备(即端点)滞留在其分配到的主机中。不难想象,这在采用多个GPU、存储设备及其控制器以及交换网的大型系统中会变得多么低效。sgwednc

例如,如果第一个主机(主机1)已经消耗了所有计算资源,而主机2和3未充分利用资源,则显然希望主机1访问这些资源。但主机1无法这样做,因为这些资源在它的层级域之外,因此会发生滞留。非透明桥接(NTB)是这种问题的一个潜在解决方案,但由于每种类型的共享PCIe设备都需要非标准驱动程序和软件,因此这同样会使系统变得复杂。更好的方法是使用PCIe结构,这种结构允许标准PCIe拓扑容纳多个可访问每个端点的主机。sgwednc

实施方法

系统使用一个PCIe结构交换网(本例中为Microchip Switchtec® PAX系列的成员)在两个独立但可透明互操作的域中实现:即包含所有端点和结构链路的结构域以及每个主机专用的主机域(图3)。主机通过在嵌入式CPU上运行的PAX交换网固件保留在单独的虚拟域中,因此,交换网将始终显示为具有直连端点的标准单层PCIe设备,而与这些端点出现在结构中的位置无关。sgwednc

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图3:每个结构的独立域sgwednc

来自主机域的事务会在结构域中转换为ID和地址,反之,结构域中通信的非分层路由也是如此。这样,系统中的所有主机便可共享连接交换网和端点的结构链路。交换网固件会拦截来自主机的所有配置平面通信(包括PCIe枚举过程),并使用数量可配置的下行端口虚拟化一个符合PCIe规范的简单交换网。sgwednc

当所有控制平面通信都路由到交换网固件进行处理时,数据平面通信直接路由到端点。其他主机域中未使用的GPU不再滞留,因为它们可以根据每个主机的需求动态分配。结构内支持点对点通信,这使其能够适应机器学习应用。当以符合PCIe规范的方式向每个主机提供功能时,可以使用标准驱动程序。sgwednc

操作方法

为了解这种方法的工作原理,我们以图4中的系统为例,该系统由两个主机(主机1采用Windows®系统,主机2采用Linux®系统)、四个PAX PCIe结构交换网、四个Nvidia M40 GPGPU和一个支持SR-IOV的Samsung NVMe SSD组成。在本实验中,主机运行代表实际机器学习工作负载的通信,包括Nvidia的CUDA点对点通信基准测试实用程序和训练cifar10图像分类的TensorFlow模型。嵌入式交换网固件处理交换网的低级配置和管理,系统由Microchip的ChipLink调试和诊断实用程序管理。     sgwednc

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图4:双主机PCIe结构引擎sgwednc

四个GPU最初分配给主机1,PAX结构管理器显示在结构中发现的所有设备,其中GPU绑定到Windows主机。但是,主机上的结构不再复杂,所有GPU就像直接连接到虚拟交换网一样。随后,结构管理器将绑定所有设备,Windows设备管理器将显示GPU。主机将交换网视为下行端口数量可配置的简单物理PCIe交换网。sgwednc

一旦CUDA发现了四个GPU,点对点带宽测试就会显示单向传输速率为12.8 GBps,双向传输速率为24.9 GBps。这些传输直接跨过PCIe结构,而无需通过主机。如果运行用于训练Cifar10图像分类算法的TensorFlow模型并使工作负载分布在全部四个GPU上,则可以将两个GPU释放回结构池中,将它们与主机解除绑定。这样可以释放其余两个GPU来执行其他工作负载。与Windows主机一样,Linux主机也将交换网视为简单的PCIe交换网,无需自定义驱动程序,而CUDA也可以发现GPU,并在Linux主机上运行P2P传输。性能类似于使用Windows主机实现的性能,如表1所示。sgwednc

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表1:GPU点对点传输带宽sgwednc

下一步是将SR-IOV虚拟功能连接到Windows主机,PAX将此类功能以标准物理NVM设备的形式提供,以便主机可以使用标准NVMe驱动程序。此后,虚拟功能将与Linux主机结合,并且新的NVMe设备将出现在模块设备列表中。本实验的结果是,两个主机现在都可以独立使用其虚拟功能。sgwednc

务必注意的是,虚拟PCIe交换网和所有动态分配操作都以完全符合PCIe规范的方式呈现给主机,以便主机能够使用标准驱动程序。嵌入式交换网固件提供了一个简单的管理接口,这样便可通过成本低廉的外部处理器来配置和管理PCIe结构。设备点对点事务默认情况下处于使能状态,不需要外部结构管理器进行额外配置或管理。sgwednc

总结

PCIe交换网结构是一种能够充分利用CPU巨大性能的绝佳方法,但PCIe标准本身存在一些障碍。不过,可以通过使用动态分区和多主机单根I/O虚拟化共享技术来解决这些难题,以便可以将GPU和NVMe资源实时动态分配给多主机系统中的任何主机,从而满足机器学习工作负载不断变化的需求。sgwednc

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